مستند «ناخدا دریایی» روایتگر یک لنج ماهیگیری که برای یک صید بندر چابهار را ترک کرده و در اقیانوس هند تا آبهای سومالی پیش می‌رود و طی سفر 70 روزه با چالش‌ها و مشکلات بسیاری مواجه است؛ چالش‌ها و مشکلاتی که پیش از سفر آغاز می‌شود و صیادان بدون تجهیزات و پوشش‌های بیمه‌ای رهسپار عمق اقیانوس می‌شود تا خطر کردن‌های حین صید؛ و البته روای مشکلاتی که تا بعد از صید هم ادامه دارد و صیدی که صیاد با جان خود آورده، گرفتار دلالان می‌شود و صیاد چاره‌ای جز فروش به بهایی نازل ندارد.